1995年5月14日，时任福建省委常委、福州市委书记习近平参加在于山堂举行的福州大学与福州市共建协议签约仪式，他指出，“共建协议”将进一步推动福州地区的“产、学、研”一体化进程，促进福州市和福州大学的振兴和发展。

2002年6月，科学技术部办公厅印发《关于同意启动建设国家大学科技园的通知》，福州大学国家大学科技园正式启动建设。

2011年1月25日，在福建省委、省政府和福州市委、市政府的大力支持下，福州大学科技园正式开工建设，进一步改善了学校的科技创新生态。

2014年9月，福州大学科技园被国家科技部、教育部认定为国家大学科技园。

2017年4月获批“全国大学生创业示范园”。

2017年12月获批“国家级众创空间”。

2019年3月获批“国家级技术转移示范机构”。

2019年4月获批“全国创业孵化示范基地“

2021年10月，科技部、教育部公布国家大学科技园绩效评价结果，获得“良好”的评价，是福建高校参与国家大学科技园绩效评价的最好成绩。

2023年2月14日，福大科技园旗山园区二期项目启动仪式顺利举行。